全馆共分４层，主要蒐藏、研究、展示台湾原住民的文物，并藉由教育活动之推广，希望能够唤起过去那一段无文字记载的历史，促进各族群间彼此了解，更而相互尊重，拓展关怀视野，呈现台湾本土文化之元性。
各楼层的内容及陈设概略如下：
地下一楼： 原住民泛灵信仰、雅美（达悟）人的信仰、文化变迁年代表、排湾人 五年祭、视听展示室、影像图书馆、部落教室、特展室、影像检索查询系统、及盥洗室。
一楼： 南岛民人与台湾原住民之关系、传统原住民群像、台湾原住民族简介影像区、雅美人渔舟、排湾人石板雕刻、影像检索查询系统、现代原住民群像，服务台、艺品部、寄物间、公用电话区。
二楼： 雅美（达悟）人住屋、陶器、阿美人火塘、编器、排湾人石板屋、雕刻与纹饰、狩猎文化、布农人谷仓、宗柱、乐器、织布用具、邹人男子集会所、影像检索查询系统。
三楼： 服饰、纹身、装饰、织物、刺绣、琉璃珠３Ｄ影像、影像检索查询系统。